Ce sont les organismes certificateurs qui veillent à ce que les agriculteurs souhaitant produire "bio" respectent strictement leurs cahiers des charges. Tous ces organismes de contrôle habilités à octroyer la certification bio sont agréés par l'Etat français via le ministère de l'agriculture.

Ecocert est le plus connu d'entre-eux, il certifie environ 80% des produits français. Parmi ces organismes on retrouve également le QNPC, l'AFAQ, Qualité-France, Qualité-Nord-Pas-de-Calais, Agrocert, Certipaq, l'Aclave et l'Ulase. C'est le producteur lui-même qui choisit son organisme de contrôle.

Le nom de l'organisme certificateur doit obligatoirement figurer sur l'emballage de produits commercialisés sous le label bio ou avec la mention "issu de l'agriculture biologique".